【1162年】（南宋孝宗, 绍兴三十二年八月），大休宗珏禅师圆寂。据南宋楼钥撰写的《天童大休禅师塔铭》记载，大休宗珏禅师圆寂后“学徒奉全身葬于南谷。”

　　【1228年】（南宋理宗, 绍定元年七月十七日），长翁如净禅师圆寂。据《天童寺志》记载，绍定元年（一二二八）师感疾退席。七月十七日，下涅槃堂，为先师鉴足庵烧香，闻法堂宝盖镜堕于座上，因曰：镜枯禅至矣！书偈云：六十六年，罪犯弥天；打个脖跳，活陷黄泉。咦！生死从来不相干。旋即示寂。世寿六十六，塔全身于天童山。

　　【1324年】（元泰定元年），日僧宗可入元，修复天童山如净塔所南谷庵，后圮。

　　【1587年】（明万历十五年），天童山山洪爆发，寺毁。

　　【1642年】（明崇祯十五年壬午七月初七日），密云圆悟禅师圆寂。据寺志记载，明崇祯十五年（1642），密云禅师圆寂于天台通玄寺。越年，天童寺僧迎回灵骨，建塔院于南山供养，后毁于动荡年代。据崇和2015年考察：密云圆悟祖师灵骨尚存。

　　【1877年】（明治十年）11月，日本美浓龙泰寺第四十五代泷田融智也来天童寺找过如净塔，也没能确定。后来终于在净慈寺的莲华洞旁边发现了断碑残片，同年4月，他个人出资重建了如净塔。现在的杭州净慈寺的如净塔是在复原当年泷田融智建的。

　　【1920年】（明治三五年）8月，在天童寺住了数日的水野晓梅在《天童小志》记载着南谷庵当时就已经不存在了。

　　水野梅晓于明治35年（1902年）赴中国朝拜浙江宁波天童山的如净禅师墓塔，并与该寺住持寄禅一起谈论振兴佛教的问题。1903年，梅晓在长沙开办湖南僧学堂私塾。

　　村上博优长老《天童山南谷庵考》记载考察南山塔院的时间：

　　【1983年1月31下午】，村上博优长老与天童寺知客修祥法师在玲珑岩观音洞附近，讨论南山塔院及南谷庵的事宜。

　　日本永平寺《伞松》杂志1983年3月号，刊登“祖山伞松会”熊谷忠兴老师的论文《天童寺南谷庵旧迹探源》。

　　【1985年4月4日】，村上博优长老受修祥法师引导，与宁波市文物管理委员会虞逸仲、鄞县文物管理委员会周生望、翻译魏诚心等五人，访问南山塔院院址。

　　【1985年5月23日下午】，村上博优长老与永平寺监院南泽道人、熊谷忠兴老师、津田幸子等人，再次造访南山塔院旧迹。5月24日拜别时，上香遥寄哀思。

　　2000年4月16日，村上博优长老考察东钱湖大慈寺。

　　2014年10月29日，村上博优长老第108次访甬，举行九十寿庆。

　　【2016年2月24日中午】，村上博优长老考察南山塔院。

　　【2017年4月12日】，村上博优长老最后一次考察天童寺。